Po śmierci Kazimierza Jagiellończyka w 1492 roku rządy w Polsce objął jego trzeci syn, Jan Olbracht. Na tronie litewskim zasiadł Aleksander Jagiellończyk, co oznaczało, że unia personalna między Polską a Litwą uległa likwidacji.
Za panowania Jana Olbrachta doszło do zwołania pierwszego sejmu walnego, do którego doszło w 1943 roku. Sejm walny składał się z trzech członków: króla, senatu i izby poselskiej (w skład, której wchodzili przedstawiciele sejmików). W ten sposób szlachta zdobyła stały udział w ustanawianiu nowych praw w państwie z korzyścią dla siebie, ale jednocześnie zmniejszających znaczenie mieszczaństwa i chłopów.
Od 1496 roku obrady sejmu walnego odbywały się cyklicznie. Również w tym roku sejm uchwalił Statuty piotrkowskie, które jeszcze bardziej umocniły przewagę szlachty nad innymi stanami. Do najważniejszych postanowień Statutów piotrkowskich należało: szlachta została zwolniona od płacenia ceł, jeśli sprowadziła towary na własny użytek; zabroniono mieszczanom nabywania dóbr ziemskich; wyższe urzędy duchowne zostały zarezerwowane wyłącznie dla szlachty; chłopu nie wolno było opuszczać gruntu bez zezwolenia pana; chłop nie miał prawa stawać przed sądem bez obecności dziedzica, a co za tym idzie, nie mógł pociągnąć szlachcica do odpowiedzialności za wyrządzoną sobie krzywdę.
W ten oto sposób władzę w państwie, za pośrednictwem sejmu, sprawowała szlachta. Z czasem sejm szlachecki stał się organem podejmującym decyzje dotyczące wszystkich stanów, co zachwiało równowagę między nimi, jaka istniała w monarchii stanowej.
Dzięki posiadanemu bogactwu i uzyskanym przywilejom, szlachta stała się najsilniejszym ekonomicznie stanem. Dążyła ona również do zdobycia coraz to większej pozycji na arenie politycznej.
Jan Olbracht chciał stworzyć państwo silne i scentralizowane. W roku 1495 wykorzystał bezpotomną śmierć księcia płockiego, Jana II i wkroczył zbrojnie na jego ziemie. Płock wraz z biskupstwem mazowieckim został wcielony do Korony.
W 1493 roku przyjął hołd od wielkiego mistrza zakonnego, Jana von Tieffena, w Poznaniu.
W polityce zagranicznej Jan Olbracht kładł nacisk na sprawę turecką. Próbował odebrać Turcji czarnomorskie porty, ale jego wyprawa zakończyła się klęską, ponieważ hospodar Mołdawii, Stefan, któremu na pomoc ruszył Olbracht, przeszedł na stronę Turcji (wroga). Oblężenie stolicy Mołdawii – Suczawy trwało trzy tygodnie, na wojska polskie nacierały wojska Mołdawian, Turków, Tatarów, Wołochów, a nawet Siedmiogrodzian. Na pomoc Olbrachtowi nie przybyły wojska Aleksandra, bo został zablokowany przez armię cara Rosji, Iwana III Srogiego i musiał pozostać w kraju. Z odsieczą nie przybył również król Węgier, Władysław Jagiellończyk, który stwierdził, że Mołdawia jest jego lennem i nakazał zaprzestania walk. W związku z tą dramatyczną sytuacją, Jan Olbracht zmuszony został do wycofania się. Podczas odwrotu wojska polskie wpadły w zasadzkę i zostały ciężko pobite pod Koźminem na Bukowinie.
Rok 1498 był niezwykle trudny dla Jana Olbrachta, bowiem już wiosną rozpoczął się atak Rosji na Litwę, a Polska po raz pierwszy w historii została zaatakowana przez wojska tureckie, Tatarzy najeżdżają na Podole i Ruś Czerwoną. W 1499 roku została podpisana unia wileńska, na mocy, której Polska i Litwa zawarły sojusz, który zobowiązywał obie strony do wzajemnej pomocy przeciw wrogom zewnętrznym.
Nowy wielki mistrz krzyżacki, Fryderyk Saski odmówił złożenia hołdu lennego królowi polskiemu. W związku z tym, w roku 1501, Jan Olbracht zwołuje pospolite ruszenie i wyrusza do Torunia, by wymusić na Fryderyku Saskim złożenie hołdu lennego Koronie. Jednak z powodu nagłej choroby umiera 17 czerwca 1501 roku, pozostawiając sprawę krzyżacką nierozwiązaną.
Po śmierci Jana Olbrachta na tronie polskim zasiada jego młodszy brat Aleksander Jagiellończyk.
