Warunki pokoju toruńskiego z 1411 roku, który kończył Wielką Wojnę z Zakonem Krzyżackim, nie zadowalały żadnej ze stron. Polska odzyskała ziemię dobrzyńską, a Żmudź powróciła do Litwy na czas życia Jagiełły i Witolda. Zakon zobowiązany został do wykupu jeńców wojennych za olbrzymią sumę. Wysokie koszty poniesione podczas wojny zburzyły finansowe podstawy państwa krzyżackiego. Następstwem było również trwałe osłabienie armii krzyżackiej.
Krzyżacy nie dotrzymali warunków pokoju i ponownie napadli na pograniczne ziemie polskie w 1414 roku. Była to tzw. wojna głodowa, gdyż spustoszone zostały głównie wsie państwa zakonnego.
Po kolejnej wyprawie Jagiełły na Krzyżaków (1422) został zawarty pokój w 1435 r. (już po śmierci króla), w Brześciu Kujawskim. Na jego mocy zakon ostatecznie utracił Żmudź.
Po kolejnej przegranej wojnie władze zakonne utrudniały miastom pruskim handel z Polską i obciążały wysokimi podatkami. Aby bronić się przed nadużyciami władz zakonu mieszkańcy państwa zakonnego: rycerstwo ziemi chełmińskiej, Torunia i Chełmna, utworzyli Związek Pruski. Na jego czele stała Tajna rada, a przewodził jej Jan Bażyński. Przywódcy związku, obawiając się represji ze strony władz wypowiedzieli posłuszeństwo zakonowi i w 1454 r. wywołali powstanie antykrzyżackie. Gdy opanowali część kraju, zwrócili się do polskiego króla z prośbą o przyłączenie terytorium zakonnego do Królestwa Polskiego. Kazimierz Jagiellończyk przychylił się do prośby i wydał akt wcielający Pomorze i Prusy do Królestwa Polskiego.
Wydarzenie to stało się bezpośrednią przyczyną wojny trzynastoletniej.
Krzyżacy byli świetnie wyszkoloną, karną armią. Korzystali z wojsk zaciężnych i posiadali wiele silnych zamków.
Z kolei armia polska składała się głównie z pospolitego ruszenia szlachty, która zamiast walczyć domagała się kolejnych praw i przywilejów. Aby nakłonić ją do udziału w wojnie, Jagiellończyk nadał im nowe przywileje w Cerekwicy i w Nieszawie. Zmobilizowały one szlachtę do wojny i król ruszył z armią pod Chojnice. Wojska wielkopolskie zostały tam doszczętnie rozbite przez wojska zaciężne z Niemiec i Czech, które zwerbował Zakon. Powstańcy pruscy zostali pokonani w czasie nieudanego oblężenia Malborka. W ten sposób Krzyżacy odzyskali wiele miast i zamków we wschodniej części swojego państwa, ale Pomorze Gdańskie pozostawało pod wpływem Polski i Związku Pruskiego.
Z pomocą polskiemu królowi przybyły miasta pomorskie i pruskie. Gdańsk wystawił silne oddziały, a jego flota nie dopuszczała posiłków dla zakonu (1463).
W 1462 roku jeden z najwybitniejszych wodzów polskich, Piotr Dunin, pokonał najemną armię krzyżacką w bitwie nad Jeziorem Żarnowieckim.
Wojnę trzynastoletnią kończył pokój podpisany w Toruniu, w 1466 r. Warunki tego pokoju były niezwykle surowe dla Krzyżaków. Do Polski wróciło Pomorze Gdańskie z Gdańskiem, ziemie: chełmińska i Michałowska, ponadto Malbork, Elbląg i cała Warmia z Olsztynem, Toruń i Bydgoszcz. Pozostała część Prus z Królewcem (nową stolicą Państwa Krzyżackiego) była lennem Polski.
Państwo Krzyżackie istniało do 1525 r. w formie okrojonej, kiedy to ostatni mistrz krzyżacki zrezygnował z godności zakonnej, przyjął luteranizm i utworzył Świeckie Księstwo Pruskie, które przestało zagrażać Polsce.
