Reformacja w Polsce rozprzestrzeniała się dość szybko. Było to związane ze ścisłymi związkami, jakie łączyły Polskę z krajami zachodu: Niemcami i Francją oraz Włochami. Główne odłamy reformacji w Polsce to: luteranie, kalwini i bracia polscy. Hasła luteranów dotarły szybko do Prus Królewskich i Wielkopolski, gdzie zamieszkiwała duża liczba mieszczan pochodzenia niemieckiego. Przybywali tu również ludzie prześladowani w swoich krajach za popieranie i propagowanie reformacji. Prusy królewskie i Wielkopolska były więc doskonałym miejscem do wyznawania reformacji, gdyż w połowie XVI wieku Zygmunt August przyznał miastom pruskim prawo do swobodnego wyznawania religii. Decyzja ta przyczyniła się do wciąż narastającego znaczenia i rozwoju kultury różnowierczej, a trzeba przyznać, że Polska pod tym względem była krajem bardzo tolerancyjnym.
Szlachta jednak nie do końca była przychylna luteranizmowi, wielokrotnie podejmowano próby powstrzymania wpływów tego wyznania. Nie zdołano jednak temu zapobiec i od połowy XVI wieku luteranizm w obrębach Wielkopolski i Prus rozwijał się bez przeszkód. Szlachta skłaniała się ku kalwinizmowi, a szczególnie ku treściom, które mówiły o demokratycznych formach rządzenia. Nie pochwalała jednak zbytnio nakazu prowadzenia życia surowego, skromnego i pracowitego. Kalwinizm najlepiej rozwijał się w Małopolsce i na Litwie. Przyjęcie tego wyznania przez magnatów i szlachtę było jednoznaczne z przeciwstawieniem się duchowieństwu katolickiemu, a co za tym szło, nie płacili dziesięciny, nie uznawali sądów duchownych; głosili również potrzebę zerwanie z Rzymem oraz utworzenia kościoła narodowego.
Odmienne podejście szlachty do kwestii społecznych spowodowało rozłam. Kalwini podzielili się na: właściwych kalwinów i arian (braci polskich). Arianie głosili, że wszyscy ludzie są braćmi i powinni być równi. Głoszono likwidację własności prywatnej i zniesienie podziału społeczeństwa na klasy. Potępiali wszelką przemoc i wojny, a w ramach manifestacji nosili drewniane miecze. Zdarzało się również, że sporadyczni przedstawiciele arian zwalniali poddanych z pańszczyzny lub nawet obdarowywali ich ziemią. Do głównych ośrodków arian w Polsce należały miasta raków i Pińczów.
Świątynie protestanckie były bardzo prostej konstrukcji, miały surowy i skromny wygląd. Różnowiercy mieli znaczący wkład w dorobku polskiego odrodzenia. Bracia polscy wydali wiele cennych dzieł postępowej literatury, również dziedzina nauki miała imponujące osiągnięcia. Nastąpił znaczny rozwój edukacji i oświaty, a działaczami reformacji było wielu wybitnych pisarzy, naukowców i teologów.
Polska za panowania Jagiellonów była państwem tolerancyjnym, panował spokój religijny. Znajdowali tu schronienie prześladowani różnowiercy z całej Europy. Pomimo iż zdarzały się pojedyncze przypadki nękania różnowierców przez fanatyków katolickich, nie zmieniały one jednak faktu, że w Polsce istniała pełna wolność wyznaniowa. Nie było w Polsce masowych prześladowań, oskarżeń o herezję, ani masowych egzekucji na tle wyznaniowym, jak to działo się w innych krajach.
Najliczniejszą grupą wyznaniową w Polsce wciąż pozostawali wyznawcy religii rzymsko-katolickiej. Kościół zawzięcie bronił swej uprzywilejowanej pozycji. Po przyjęciu uchwały soboru trydenckiego sprowadzono do Polski zakon jezuitów, który dość szybko opanował szkolnictwo i część dworu królewskiego. W 1596 roku zawarto unię brzeską, nazywaną unią religijną, która była przejawem do pojednania i porozumienia między wyznaniami prawosławnymi w Rzeczypospolitej. Na mocy tej unii kościół prawosławny podporządkował się papieżowi. Tą część duchowieństwa, która uznała papieża za głowę Kościoła nazwano unitami, a część, która się temu sprzeciwiła nazwano dyzunitami.
Po śmierci Zygmunta Augusta w 1573 roku obradujący wówczas Sejm uchwalił konfederację warszawską. Było to prawo, ustawa o tolerancji religijnej i gwarantowała ona wieczny pokój miedzy różniącymi się wyznaniami. Ustawa ta gwarantowała również, że wyznanie inne niż katolickie nie stanowiło przeszkody w zajmowaniu stanowisk i urzędów. W całej Europie tylko Polska posiadała taką ustawę.
